本篇文章给大家谈谈生物信息培训班，以及生物信息培训班 有用吗对应的知识点，希望对各位有所帮助，不要忘了收藏本站喔。
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参加培训班——最快速的方法。有些生物信息公司会针对高校教师和医师开生信培训班，我导师带着我上过几次，有TCGA、Oncomine和R的。缺点是价格贵，一次一天两三千，优点是上手快，而且会有后续服务，比如课上完后你在qq群里提问，一般公司技术人员都会给你解决。我放几张上完培训班后发的资料，是课上PPT转的PDF。另外再推荐一本中文教材，可以做补充用。优点是浅显易懂，缺点是不够深入且作者态度傲娇，但书还可以，《R语言与Bioconductor-生物信息学应用》，随着大数据时代的到来，各种生物类公共数据库井喷，其中就包括癌症领域熟为人知的癌症基因图谱The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库。TCGA由NCI牵头，作为美国攻克癌计划的一个大项目，投入了巨大的人力和物力，系统提供了癌症多组学测序和芯片数据，包括Gene expression, DNA methylation, Copy NumberVariation, Mutation等结果，同时也附有相应各测序样本的完整临床资料。TCGA为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的基因组数据和与其关联的临床数据,这为挖掘有意义的基因组变化和发现影响肿瘤起始、发展、分化、转移等生物学机制提供了海量数据基础。然而传统的基础医学和转化医学研究者缺乏信息学基础来处理大规模癌症数据,因而在面对这些极其有价值的基因组数据时,往往心有余而力不足。作为医学信息领域研究者,我们需要将信息学和统计学知识运用到癌症基因组学数据分析的研究当中,作为连接大数据与基础医学研究者之间的一个纽带,帮助研究者去更好地挖掘探索这些数据。
微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序，通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。借助不同环境下微生物群落的构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间的关系，寻找标志性菌群或特定功能的基因。对微生物群落进行测序包括两类，一类是通过16s rDNA，18s rDNA，ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性；还有一类是宏基因组测序，是不经过分离培养微生物，而对所有微生物DNA进行测序，从而分析微生物群落构成，基因构成，挖掘有应用价值的基因资源。以16s rDNA扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性和构成的分析，目前的生物信息学分析也可以基于16s rDNA的测序对微生物群落的基因构成和代谢途径进行预测分析，大大拓展了我们对于环境微生物的微生态认知。目前我们根据16s的测序数据可以将微生物群落分类到种（species）（一般只能对部分菌进行种的鉴定），甚至对亚种级别进行分析，几个概念：16S rDNA（或16S rRNA）：16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区，保守区序列反映了物种间的亲缘关系，而可变区序列则能体现物种间的差异。16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。OTU：operational taxonomic units (OTUs)在微生物的免培养分析中经常用到，通过提取样品的总基因组DNA，利用16S rRNA或ITS的通用引物进行PCR扩增，通过测序以后就可以分析样品中的微生物多样性，那怎么区分这些不同的序列呢，这个时候就需要引入operational taxonomic units，一般情况下，如果序列之间，比如不同的 16S rRNA序列的相似性高于97%就可以把它定义为一个OTU，每个OTU对应于一个不同的16S rRNA序列，也就是每个OTU对应于一个不同的细菌（微生物）种。通过OTU分析，就可以知道样品中的微生物多样性和不同微生物的丰度。测序区段：由于16s rDNA较长（1.5kb），我们只能对其中经常变化的区域也就是可变区进行测序。16s rDNA包含有9个可变区，分别是v1-v9。一般我们对v3-v4双可变区域进行扩增和测序，也有对v1-v3区进行扩增测序。
对生物信息学这样的交叉学科的总结想做到面面俱到又分类清晰似乎是不大可能，我们论坛成立初期，就陷入了板块杂乱无章的泥沼。好在现在勉强清晰的得到了组学大全这样一个稍微完整和清晰的大板块，目前有基因组，转录组，蛋白质组，代谢组，表观组和微生物组这6个子板块，如下：想彻底搞清楚一个组学，并不是简单，所以本板块不建议初学者在这里发帖，目前论坛管理员团队正在积极寻找有一定项目经验的朋友来参与整理及分享。鉴于他们可能是纯粹的奉献，而不是像其他初学者一样是伴随着论坛成长，他们的付出并不是无偿的。首先他们的个人品牌可以在这里得到推广，包括个人博客，公众号，实验室招聘信息等，其次在论坛产出的版权均为个人所有，最后万一论坛有幸盈利，比如我们的组学最佳实践指导的学习小册子出版啦，或者有兴趣的朋友可以开培训班什么的，盈利会根据贡献度分成。
网易公开课上搜一下就有
我正在上，北大的生物信息学导论
生信菜鸟团上大学之后，我上网找资料时发现的第一个博客就是生信菜鸟团，里面包罗万象，涵盖很多方面（初次发现时，就感觉自己进入了新的天地）rabbit gao's blog 我超喜欢这个师兄的博客里面的笔记，很直观，尤其是python那部分。他是以代码的形式展示内容。沈梦圆博客梦圆师姐，和我一样喜欢用熊猫头像，她的博客也是刚刚建立不长时间。师姐的文笔很赞，看里面博文相信对你有帮助的。生信日志|鸣一道鸣一道师兄的博客我比较喜欢的是R做图那一块plob这个我比较少看，不过内容也不错，我后续再写上这个博客的描述。陈连福博客 听说连福老师有开培训班，实力自然也不差。糗世界←欢迎来到糗糗的世界糗世界主要包括：序列比对与NGS R/bioconductorcircos教程，其中糗世界关于R和bioconductor以及NGS的归纳总结特别详尽生信客部落生信客部落是我自己的博客，刚建不久（2016.9.3建的），我目前在准备考研，打理的时间不多。但相信是一只潜力股，有提升的空间。也欢迎博友们交换 "友情链接".hope博客 hope 他（她）有一篇关于生物信息学在线工具的总结，我特别喜欢科研动力“endnote使用宝典”，专注写endnote相关的内容。（注：endnote 是文献管理的软件，插入引用文献的神器）biochen生物伯臣生物里也蛮多归纳整理的Bob's Blog bob这位兄弟的博客我接触不多，我后续补上描述.论坛（包括生信论坛和其他一些相关的网站）：生信技能树生信技能树前面那个师兄有详细描述过。我也亲眼见证了它从无到有的过程，看着生信技能树感觉特别亲切，感觉就像自家的孩子一样。我自己由于准备考研和书写毕业论文的事情，在生信技能树建设的参与度不高。总之，好喜欢......生物信息学天空内容超全的一个生信论坛丁香园（生信板块）丁香园，就不解释了，一个国内最成功的论坛之一。医学生基本都知道的一个论坛。小木虫小木虫，里面蛮多资源的，也是国内最成功的论坛之一生物统计家园描述待输入...基因堂描述待输入biostars这是一个生信问答网站生信刷题网站ROSALIND | About 这个是一个生物信息的刷题网站，超多实战题（纯英文，既提高英语水平，又训练了自己的实战能力，何乐而不为）。实战走起......生物信息学在线工具网站生信客部落生物信息工具整合(包含在线工具与离线工具)–更新中这里面包含了一些生物信息学可视化工具，包含在线的工具和一些离线的可视化工具，由于目前个人水平有限，所以还有待继续完善
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